二級A型和B型生物安全柜的主要區(qū)別在于：B型安全柜必須安裝外接風機，并且氣體通過導(dǎo)管建筑物的排風系統(tǒng)直接排到實驗室外。如果沒有外接風機，安全柜的內(nèi)部風機會將工作區(qū)內(nèi)的空氣（和微生物因子）經(jīng)過前臺操作人員，吹向操作人員的臉上，從而導(dǎo)為危險的狀況。此類安全柜不能算作性能平衡的安全柜，因為內(nèi)置的風機只能產(chǎn)生下沉氣流，安全柜的工作還依賴外接風機產(chǎn)生進流。
　　
　　對于所有B型二級生物安全柜，可以考慮在風機的排氣出口端和建筑物排氣端口之間安裝空氣凈化系統(tǒng)，用以中和稀釋排氣中的化學(xué)毒霧，從而加強安全柜的環(huán)保性能。
　　
　　雖然B型生物安全柜在對進行化學(xué)物品操作時被廣泛使用，但是從理論上說，它的安全水平相對于A型安全柜已經(jīng)大大提高。通過將空氣直接排到外界環(huán)境，它們更為妥善的安全防護，尤其是當HEPA過濾器出現(xiàn)故障時。